1938 mussten die Kirche St. Peter-Zizlau und die umliegenden Häuser und Höfe dem Aufbau der Linzer Schwerindustrie an der Donau weichen. In den Stadtteilen Keferfeld, Spallerhof und Bindermichl wurden den Bewohnern von St. Peter in rasch errichteten Siedlungen neue Wohnungen zugeteilt.
1958 erwarb die Diözese das alte Bauerngut Spallerhof. Hier wurde eine Notkirche errichtet, die als Kaplanei der Pfarre St. Michael (Bindermichl) unterstand. Am 1. Jänner 1960 erfolgte die offizielle Pfarrerhebung von St. Peter. In der Urkunde wurde die Pfarre Linz – St. Peter ausdrücklich als Nachfolgepfarre von St. Peter – Zizlau bezeichnet und mit allen Rechten und Ansprüchen auf das bewegliche und unbewegliche Vermögen ausgestattet. Bereits vorher am 1. September 1959 war Alois Hörmadinger zum Provisor der neuen Pfarre bestellt worden.
Nach den nötigen Planungen und Baubewilligungen konnte am 13. Mai 1963 der Spatenstich zum Bau der neuen Kirche erfolgen. Am 20. September 1963 wurde bereits die Dachgleiche gefeiert. Der Turm war nun bereits weithin sichtbar. Bei der Kirchweihe am 6. September 1964 übergab Diözesanbischof DDr..Franz Salesius Zauner den Kirchenschlüssel an Pfarrer Hörmadinger.
Am 3, Oktober 1966 wurde im neu gebauten Kindergarten der Betrieb aufgenommen. Es folgte die Errichtung des Pfarrheims, dann 1969 die Glockenweihe und 1975 die Orgelweihe.
In den folgenden Jahren wurde die Kirche künstlerisch mit dem großen Glasfenster im Altarraum und den Fensterbändern in der Hauptkirche und der Marienkapelle ausgestaltet. Auch der eindrucksvolle Kreuzweg kam hinzu.
Nach 31 Jahren segensreichen Wirkens wurde Pfarrer KSR Alois Hörmadinger am 30. Juni 1990 von der Pfarrgemeinde verabschiedet. Am 2. September 1990 erfolgte die Installation des neuen Pfarrers, Mag. August Aichhorn, der nach 10 Jahren nach Pregarten wechselte. Die Amtseinführung unseres jetzigen Pfarrers Mag. Franz Zeiger fand im Beisein von Altpfarrer Hörmadinger am 2. September 2000 statt.
Die Bausubstanz der 60er Jahre machte in den folgenden Jahren die Generalsanierung der pfarrlichen Gebäude und den Neubau des Kindergartens notwendig. Am 16.September 2007 konnten wir das Fest zur Wiedereröffnung der Pfarrkirche nach der Renovierung feiern. Der neue Kindergarten wurde am 4. September 2011 feierlich eingeweiht.
Anlässlich des 50järigen Weihejubiläums wurde im Jahr 2014 im Vorraum der Kirche ein Gedenkstein gesetzt. Hinter diesem befindet sich eine Zeitkapsel mit Dokumenten und Schilderungen des Zeitgeschehens von 2014. Diese Kapsel soll erst A.D.2064 zum 100jährigen Weihejubiläum geöffnet werden. Bei der eindrucksvollen Feier wurde in besonderer Weise darum gebetet, dass die Pfarrkirche zu Linz – St. Peter auch für viele zukünftige Generationen das geistliche Zentrum einer blühenden Pfarrgemeinde unter dem Schutz des Hl. Petrus sei.
Leider erlebten wir am Abend des Palmsonntags im Jahr 2021 einen Brandanschlag auf unsere Kirche, der große Schäden verursachte. Beeindruckt waren wir allerdings von der enormen Hilfsbereitschaft und Solidarität aus nah und fern in den Wochen danach.
Nach aufwändigen Renovierungsarbeiten konnten wir dankbar am 27. Juni 2021 mit einer Festmesse das Hochfest des Heiligen Petrus, des Patrons der Spallerhofer Kirche, feiern.
Die Pfarrkirche erstrahlt seither in neuem Glanz.
